２００５年までに最先端のＩＴ国家にするというｅ-Ｊａｐａｎ戦略は，部分的には実現しましたが，未だ多くの課題が残されています。また，ユビキタス社会といわれるようにＩＴの発展は急速ですので，継続的な推進を行う必要があります。
それで，ＩＴ戦略本部は２００６年に第二次５カ年計画とでもいうべき，ＩＴ新改革戦略を発表しました。「いつでも、どこでも、誰でもＩＴの恩恵を実感できる社会の実現」というキャッチフレーズで、２０１０年までに日本を「世界のＩＴ革命を先導するのフロントランナーになる」ことを目標にしています。
１．ＩＴの構造改革力の追求
（１）２１世紀に克服すべき社会的課題への対応
○ ＩＴによる医療の構造改革
－－レセプトの１００％オンライン化
○ ＩＴを駆使した環境配慮型社会
－－ＩＴでエネルギーや資源の効率的な利用
（２）安全・安心な社会の実現
○ 世界に誇れる安全で安心な社会
－－地上デジタルによる災害情報提供で被害軽減
○ 世界一安全な道路交通社会
－－ＩＴＳを活用し交通事故を未然防止
（３）２１世紀型社会経済活動
○ 世界一便利で効率的な電子行政
－－オンライン申請率50％達成
○ ＩＴ経営の確立による企業の競争力強化
－－ＩＴによる部門間・企業間連携の強化
○ 生涯を通じた豊かな生活
－－テレワーク、e-ラーニングの活用
２．ＩＴ基盤の整備
（１）デジタル・ディバイドのないＩＴ社会の実現
○ ユニバーサルデザイン化されたＩＴ社会
－－誰もが安心利用し恩恵を享受できるＩＴ開発推進
○ デジタル・ディバイドのないインフラの整備
－－いつでも、どこでも使えるユビキタス化
（２）安心してＩＴを使える環境の整備
○ 世界一安心できるＩＴ社会
－－不正アクセス等サイバー犯罪の撲滅
（３）人材育成・教育
○ 次世代を見据えた人的基盤づくり
－－教員一人１台のＰＣ、モラル教育の推進
○ 世界に通用する高度ＩＴ人材の育成
－－高度ＩＴ人材育成機関の設置等
（４）研究開発
○ 次世代のＩＴ社会の基盤となる研究開発の推進
－－中長期的な技術戦略の策定
３．世界への発信
○ 国際競争社会における日本のプレゼンスの向上
－－世界の一翼を担う情報ハブ
○ 課題解決モデルの提供による国際貢献
－－ＩＴによるアジア諸国等への貢献
ＩＴ新改革戦略はｅ-Ｊａｐａｎの延長として、その方針をさらに具体的な課題解決を内容としていますが、そのなかでも次の２つが最重要項目になっています。
ＩＴによる医療の構造改革
少子高齢化が進んでおり，国民保険の運営が困難になってきました。一方，社会保険庁のずさんな体質が問題になりました。このような観点から，医療費の軽減が喫緊の課題になっています。その解決には，医療機関でのＩＴ活用による合理化が必要になります。
また，それにより医療過疎地域での医療サービス向上の効果が期待できます。
世界一便利で効率的な電子行政
ＩＴ基本法での重点分野に「電子政府」「電子自治体」があります。それは、次の分野があります。
・行政内部のＩＴ活用による生産性の向上
・行政と住民や企業との接点のオンライン化
各種申請等のオンライン化
行政からの情報提供拡大とＷｅｂ公開
・実現のためのインフラ整備。ネットワーク、各種コード化など
よく例に挙げられたのは、引っ越し時に、これまでは旧住所と新住所での市役所などを行き来したり、市役所のなかでも幾つもの課を回り、しかも同じような書類を何度も書かされる。それがワンストップで全ての処理ができるし、パソコンやスマートフォンで休日でも夜間でもできる・・・というのです。非常に便利になる（はずでした）。
「世界一便利で効率的な電子行政」を掲げたのですが、高い費用をかけて開発したシステムなのに利用率が低い。国民目線で戦略策定・評価指標設定がなされていないなど、オンライン申請システムの評判は非常に悪いものでした（ 参照：「オンライン申請システムへの批判」）。