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ウイルスの名称については、ＣＡＲＯ（Computer Anti-virus Research Organization； http://www.caro.org/）による命名ルールがあるが、必ずしもそれに準拠されてはいない。アンチウイルスメーカーにより、例えば、
トレンドマイクロ シマンテック
PE_Nimda.A W32.Nimda.A@mm
WORM_MSBLAST.A W32.Blaster.Worm
のように異なるのが通常である。
両社とも、
接頭語＋ファミリ名称＋亜種名［＋接尾語］
の形式になっているが、接頭語や亜種名などは異なる。
ファミリ名称は、原則としてウイルス発見者が、その特徴や発見した状況あるいは趣味によって命名する。発見当初は仮名としておき、大勢に従って改めて命名することもある。また、メーカーでの「正式名称」以外に、事件などの話題により流布した「通称名」もある。
同一ウイルスに複数の名称があるのは不便なので、統一しようとの意見があるが、現実には名称論議よりも対処のほうが重要なので、あまり重視されていまいのが現状である。それを補うために、各社での名称の対照表が多く発表されている。代表的なものに、ＡＶ－ｔｅｓｔによる Wild listがある。
ＡＶ－ｔｅｓｔ：
http://www.av-test.org/index.php
名称対照表：
http://www.av-test.org/down/wildlist.zip