プログラムは、コンピュータで稼動できて価値を持つのですから、一般の著作物とはやや異なる決まりがあります。
- 著作物の範囲
- プログラム言語、規約、解法は保護対象になりません（第１０条の３）。
プログラム言語とプログラムは違います。例えばＣ言語の命令や構文は対象にはなりませんが、それを用いて作成したプログラム（原始プログラムも実行プログラムも）は対象になります。プログラム言語の仕様書や解説書は保護対象になります。また、解法は特許になる場合もあります。
- 創作年月日の登録
- 公表の有無に関係なく、著作した段階で著作権が発生します。これはプログラムでも同じですが、プログラムではそれを証明してもらうために、創作年月日の登録を受けることができます（第７６条の２）。
- プログラムの複製
- プログラムの所有者は、バックアップ用など必要と認められる限度において複製することができます（第４７条の２）。当然ながら、取得時に、不正に作成された複製だと知っていて使用することは著作権の侵害になります（第１１３条）。
- 同一性保持権
- 一般的には、著作者の同意を得ないで著作物の変更、切除その他の改変をするのは著作権侵害になります（第２０条）が、プログラムが特定のコンピュータで利用できるようにするため、またはより効果的に利用し得るようにするために必要な改変は認められます（同条の２）。
データベースの著作権
ここでのデータベースとは、論文、数値、図形その他の情報の集合物であつて、それらの情報を電子計算機を用いて検索することができるように体系的に構成したもの（第２条）であり、データベースでその情報の選択又は体系的な構成によつて創作性を有するものは、データベースそのものが著作物として保護されます。そして、データベースを構成する内容は、その著作者の権利になります（第１２条）が、それが単なる数値だけのものは対象になりません。
プログラム登録特例法
正式には、「プログラムの著作物に係る登録の特例に関する法律」といいます。従来から登録制度はありましたが、プログラムの場合、著作物の名称のみでは内容の特定は困難です。それで「申請に係るプログラムの著作物の内容を明らかにする資料として、当該著作物の複製物の提出」を義務付けています。
登録業務は、一般財団法人ソフトウェア情報センターが指定されています。